世界被病毒毁灭，吸血鬼统治人类，少年百夜优一郎为了复仇加入帝鬼军。
人类生活在被巨人包围的墙内，少年艾伦目睹母亲被吃后，发誓要驱逐所有巨人。
不死的新人类“亚人”被政府视为研究对象，普通高中生永井圭发现自己竟是亚人后，展开逃亡。